后来李三才东山再起，有许多朋友都担心他的处境，于是劝他说：“你嫉恶如仇，恨不得把奸人铲除，也不能喜怒挂在脸上，让人一看便知啊。和小人对抗不能只凭疾言厉色，你应该巧妙行事。”李三才则不以为然，反而认为那样做是可耻的，他说：“我就是这样，和小人没有必要和和气气的。小人都是欺软怕硬的家伙，要让他们知道我的厉害。”没过多久，李三才又被罢了官。
回到老家后，李三才还是麻烦不断。朝中奸臣担心他再被重新起用，于是继续攻击他，想把他彻底搞垮。御史刘光复诬陷他盗窃皇木，营建私宅，还一口咬定李三才勾结朝官，任用私人，应该严加治罪。李三才愤怒异常，不停地写奏书为自己辩护，揭露奸臣们的阴谋。
他对皇上也有了怨气，居然毫不掩饰愤怒情绪，对皇上说：“我这个人是忠是奸，皇上应该知道的。皇上不能只听谗言。如果是这样，皇上就对我有失公平了，而得意的是奸贼。”最后，明神宗再也受不了他了，便下旨夺去了先前给他的一切封赏，并严词责问他，于是李三才彻底失败了。